1、男性受检者检测样本
尿道拭子：男性患者常常因为尿道炎的症状进行支原体检测，通常可以进行尿道拭子，采用培养或核酸检测的方法进行检测。尿道拭子的采集有一定痛苦，容易造成男性的畏惧而避免检查。
前列腺液及精液：怀疑男性生殖道感染的患者有时会进行前列腺液或精液的检查，前列腺液或精液排出时经过尿道，不可避免的会携带尿道内的微生物，尿道内可能存在支原体定植，因此可能被污染。
尿液检测：一般仅适用于RNA检测方法，优点为无创、方便、敏感性和特异性高。可用于大规模人群筛查。目前新的核酸检测方法可以采用尿液检测，减轻了男性患者采样的痛苦，便于男性筛查。
2、女性受检者检测样本
宫颈拭子与阴道拭子：是女性最常进行的检测手段，可培养或核酸检测，女性下生殖道内有很高的比例出现支原体定植，因此需要审慎的评估感染风险，确定是否需要治疗。
尿液检测：同样适用于RNA检测方法，优点为无创、方便、敏感性和特异性高，可用于大规模人群筛查。